放送開始から長きにわたり国民的アニメとして君臨し続ける『名探偵コナン』。原作の連載も記念すべき節目を迎え、物語はついに黒ずくめの組織との直接対決、そして作品最大の謎である「あの方」の全貌へと急ピッチで舵を切っています。しかし、テレビアニメの話数は1100話を大きく超え、「今から本筋だけを効率よく追いたい」「どのエピソードが伏線回収の神回なのか分からない」と途方に暮れるファンも少なくありません。
劇場版の予習や原作のクライマックスに追いつくためには、アニメオリジナル（アニオリ）と本筋を見極める選別が欠かせません。本稿では、黒ずくめの組織の暗躍、FBIや公安が絡む対決、ラム編の核心、さらには主要キャラクターの恋愛進展まで、絶対に見逃せない重要エピソードをアニメ話数・原作巻数対応表とともに解説します。
【最速チャート】名探偵コナンのメインストーリー早見表とアニオリを飛ばす見方
『名探偵コナン』の膨大なアーカイブを前にした際、最も有効な視聴スタイルが「アニメオリジナル（アニオリ）回を飛ばし、原作準拠の重要回に絞る」というアプローチです。本作の放送回数のうち、約4割強が本編の謎解きには直接影響しない1話完結型のアニオリ回で構成されています。
物語の大きな潮流は、以下の6大メインチャプターに分類できます。全体のロードマップを頭に入れておくだけで、物語の理解度が飛躍的に高まります。
【メインストーリーの全体構造】
1. 組織潜入・灰原哀登場編（第1話〜第178話）：江戸川コナンの誕生、シェリー（灰原哀）の脱走と合流
2. ベルモット編（第179話〜第345話）：FBIの捜査官たち（ジョディ、赤井秀一）の潜入と二重スパイ疑惑の真相
3. キール＆赤と黒のクラッシュ編（第425話〜第504話）：水無怜奈を巡る組織とFBIの全面戦争、赤井秀一の偽装殉職
4. バーボン編（第509話〜第783話）：謎の探偵・安室透の暗躍、沖矢昴の正体、そして「緋色シリーズ」での大逆転
5. ラム編（第792話〜第1079話）：組織のNo.2「RUM」の影、3人の容疑者（黒田兵衛・若狭留美・脇田兼則）の攻防
6. 最終章・決戦突入編（第1080話〜現在）：烏丸蓮耶の正
